Čtvrtý synod církví Leuenberského společenství v ČR se sešel ve dnech 24. a 25. listopadu 2006 na pozvání Církve bratrské v jejím sboru v Praze-Smíchově.
Na synod vyslaly své delegáty všechny církve Leuenberského společenství (Církev Českobratrská evangelická, Československá církev husitská, Církev bratrská, Slezská evangelická církev a.v., Evangelická církev metodistická), které jsou členy Společenství evangelických církví v Evropě (GEKE). Nezúčastnila se tentokrát Jednota bratrská, která oznámila, že si napříště přeje prozatím pouze status pozorovatele. Synod dopisem této církvi sdělil, že s lítostí přijal zprávu o jejím rozhodnutí ukončit plné členství v synodu Leuenberského společenství v ČR, avšak nadále počítá s účastí této církve, jejíž zástupci budou na synody zváni jako vítaní hosté, jak je tomu pravidelně i se zástupci Bratrské jednoty baptistů. Zároveň vyjádřil otevřenost k rozhovoru s představiteli Jednoty bratrské.
Synod přivítal ve svém středu jako hosty představitele církví, a to jak členských (synodního seniora Mgr. Joela Rumla, předsedu Rady CB dr. Pavla Černého, superintendenta Evangelické církve metodistické Mgr. Josefa Červeňáka), tak také církve Římskokatolické, reprezentované biskupem Františkem Radkovským, a ústřední tajemnici Ekumenické rady církví v ČR Jitku Klubalovou. Synod navštívil také prezident Rady Společenství evangelických církví v Evropě (GEKE), prezident Svazu reformovaných církví Švýcarska farář Thomas Wipf. Ten ve svém proslovu zdůraznil, že přínosem protestantismu je jeho rozmanitost, která by se stala jeho úskalím, kdyby ji zároveň neprovázela ekumenická otevřenost. Vyjádřil proto radost, že na tomto synodu, který může být příkladem ostatní Evropě, osobně zakusil,co znamená žité společenství leuenberských církví, které se snaží uskutečnit jednotu v různosti.
Ústředním tématem letošního synodu bylo téma misie. Rozprava, která se zaměřila na specifické podmínky (a úskalí) misijně-evangelizační práce v českých zemích v dnešní době, vyústila v závěrečné doporučení církvím, aby se vzájemně informovaly o svých aktivitách a projektech na tomto poli a podnítily spolupráci na úrovni místní či regionální.
Téma „homosexuality“, resp. registrovaného partnerství osob téže sexuální orientace, bylo na podnět Církve bratrské zařazeno i na pořad synodu letošního. Rozprava byla nesena otázkou, zda různé přístupy a různá praxe církví v této věci jsou takové povahy, aby měly destruktivní dopad na společenství našich církví. Výsledkem rozpravy nebylo žádné usnesení, ale apel na církve, aby se vzájemně informovaly o svých postupech a případných rozhodnutích v této věci.
Synod také stanovil hlavní téma synodu příštího, který se bude konat na podzim 2008 a jeho hostitelkou bude Slezská evangelická církev a. v., a postup jeho přípravy. Zaměří se na téma „diakonie“. Prostor v jednání bude věnován také výměně zkušeností z konkrétní misijní práce.
Synod zvolil své nové předsednictvo, složené ze zvolených zástupců jednotlivých církví. Předsedou byl znovu zvolen profesor Pavel Filipi (CČE). Místopředsedy byli zvoleni Jana Křížová (ECM) a Jan Valeš(CB).
